Vị thế đắc địa của ngôi chùa
Chùa nằm trong quần thể di tích lịch sử văn hóa Thuận Thành đã được nhà nước xếp hạng cấp quốc gia như: Chùa Dâu xã Thanh Khương, Chùa Bút Tháp xã Đình Tổ, Lăng Kinh Dương Vương xã Đại Đồng Thành, làng tranh Đông Hồ xã Song Hồ, Đền thờ lăng mộ Sĩ Nhiếp thôn Tam Á xã Gia Đông. Đây là vùng đất Siêu Loại cổ xưa hội tụ linh khí của trời đất, đường thông khắp ngả nên đã được người xưa chọn làm thánh địa xây chùa.
Theo một số di vật còn lại ở chùa và nghiên cứu cho thấy rằng chùa được xây dựng từ thời nhà Trần nổi tiếng linh thiêng trong vùng. Trải qua năm tháng, Chùa bị đổ nát, đến đây dân làng được ông Đặc tiến Phụ quốc Thượng tướng quân Thái lộc hầu Lê Đình Chất trợ duyên công đức xây dựng gác chuông và tôn tạo lại tiền đường thờ Phật, xây tả hữu hành lang, xây nhà thiêu hương, tô lại tượng Phật. Nhờ đó quy mô của Chùa được mở rộng lộng lẫy trang nghiêm, khách thập phương nô nức đến chiêm bái lễ Phật đông như trẩy hội.
Từ đó Chùa Linh Ứng lại trở thành vùng danh lam đệ nhất trong vùng, hàng năm cứ đến ngày mùng 7 tháng 4 âm lịch dân làng mở hội đón khách thập phương về chiêm bái. Vào giữa thế kỉ XX năm 1952, trong cuộc kháng chiến chống Pháp, chùa bị phá hủy hoàn toàn chỉ còn duy nhất 3 pho tượng đá trên nền chùa. Từ đó, chùa trở nên hoang phế và đi vào quên lãng.
Sau này giải phóng miền Nam, đất nước thống nhất, chùa lại được Đảng và nhà nước quan tâm. Ba pho tượng cổ bằng đá quý được khôi phục lại, đưa vào gian chính. Dân làng Ngọc Khánh nhờ sự giúp đỡ của chính quyền và khách thập phương trợ tư công đức đã xây dựng một tòa Tam Bảo, dựng cổng Tam Quan, trồng cây, lát gạch xây tường, giúp cho cảnh chùa thêm khang trang tố hảo. Ngôi chùa hiện nay được xây dựng lại trên nền chùa cũ vào năm 1986.
Không gian cảnh quan chùa Linh Ứng
Đối với bất kỳ một công trình kiến trúc nào của người Việt thì việc lựa chọn hướng và thế đất là công việc hết sức quan trọng, đặc biệt đối vối đình, chùa đây là những công trình linh thiêng nên nó được quan tâm một cách đặc biệt.
Ngôi chùa Linh Ứng được xây dựng ngoảnh mặt về hướng nam- một trong hai hướng quan trọng nhất. Nếu như hướng tây được người ta tin rằng ổn định nhất, vì hướng Tây hợp với sự vận hành của âm dương, khiến cho thần linh không rời bỏ nghĩa vụ vì chúng sinh đau khổ thì hướng nam được coi là hướng của Đế vương “ Thánh nhân nam diện nhi thính thiên hạ”. Thánh nhân mặt quay về hướng Nam mà nghe lời tấu trình của thiên hạ. Theo triết lý âm dương là phía sáng sủa đầy dương tính. Vì vậy Phật ngồi quay hướng Nam để nghe lời kêu cứu của chúng sinh trong kiếp đời tục lụy, đặng dùng pháp lực vô biên, từ bi, hỷ xả.
Trong không gian của di tích, ngoài việc chọn đất, chọn hướng thì cây cối cung đóng một vai trò rât quan trọng. Cây cỏ được ví như “bộ quần áo đẹp” tô điểm cho di tích, làm cho chúng hòa quyện với môi trường và không cách biệt. Mặt khác cây cỏ còn như nhấn mạnh một điểm cơ bản xác nhận mảnh đất có di tích là tốt thích ứng với đất thiêng, đất lành của muôn loài. Hơn nữa khi bước vào di tích được bao bọc bởi cây cỏ, tâm hồn của người hành hương như tươi mới, hòa vào thiên nhiên đất trời. Với ý nghĩa như vậy, chùa Ngọc Khám đã trồng khá nhiều các loại cây lâu năm, cây ăn quả, cây cảnh. Phía ngoài cửa chùa là ba cây mít và một cây nhãn, hai cây đại hai bên cùng nhiều cây cảnh, tuy thân cây không to nhưng tán của nó tỏa rộng khắp, vươn cao lên như đón nhận sự tinh túy và sức sống từ bầu trời để che chở cho tâm hồn những người hành hương.
Bên cạnh những cây lâu năm, trong sân chùa còn trồng các loại cây cảnh làm cho cảnh quan xung quanh thoáng đãng, mát mẻ; tạo không khí linh thiêng, tĩnh mịch sự giao hòa giũa trời và đất.
Kết cấu mặt bằng kiến trúc
Trải qua diễn trình lịch sử hàng mấy thế kỷ với nhiều biến cố thăng trầm, đến năm 1986 ngôi chùa được xây dựng lại theo bố cục chữ Đinh theo lối kiến trúc cổ. Ngôi chùa hiện nay bao gồm các đơn nguyên kiến trúc như: Tam quan, 5 gian Tiền đường, Thượng điện, 3 gian nhà Mẫu, 1 dãy hành lang bên phải, 3 phòng dành cho sư trụ trì ở bên trái. Hệ thống tượng Phật cùng đồ thờ cúng trong chùa đầy đủ có giá trị.
Bước vào khu di tích chùa Linh Ứng ta có thể cản nhận một vùng không gian linh thiêng với tòa Tam quan uy nghi mới được xây dựng lại năm 1997. Đi sâu vào bên trong qua một khoảng sân nhỏ là năm gian Tiền Đường 4 mái cong vút rồi đến Thượng Điện được đặt thờ 5 hàng tượng với bộ tượng tam thế bằng đá .Phía sau Nhà Tổ là ba gian nhà Mẫu xây theo kiểu kiến trúc hiện đại nên mái cao và rất thoáng. Xung quanh khu di tích là những cây xanh cho bóng mát và góp phần tạo bầy không khí linh thiêng, dịu nhẹ và thoát tục cho du khách đến nơi đây.
Như vậy các đơn nguyên kiến trúc cùng các yếu tố cảnh quan không gian của ngôi chùa tạo nên sự hài hòa tạo nên bố cục hoàn chỉnh cho di tích.
Gần đây, để tránh khách thập phương đi thẳng vào tòa Tiền đường và do ảnh hưởng việc thờ tượng Quan Âm Bạch Y trước cửa của những ngôi chùa Miền Nam, theo phái Tiểu thừa, nhà chùa đặt pho tượng Quan Âm Bạch Y ngay trước sân chùa, bởi vậy khách tới lễ chùa đều đi và từ hai con đường nhỏ từ bên cổng phụ của Tam quan.
Trải qua hơn tám thế kỷ chùa Linh Ứng là một trong những di tích có lịch sử xây dựng khá sớm trên mảnh đất Bắc Ninh.Trải qua thời gian kiến trúc nghệ thuật của chùa đã thay đổi, không còn lưu giữ được nhiều dấu vết từ khi mới xây dựng,xong lịch sử tồn tại của ngôi chùa vẫn là nguồn tư liệu quan trọng để ta tìm hiểu được sự tồn tại của phật giáo trên mảnh đất này.